日本に最初に「玉ねぎ」が伝わったのは、江戸時代の長崎といわれていますが、そもそも日本には玉ねぎが存在していなかったため（玉ねぎは外来種の作物）、玉ねぎを食べる文化・習慣は無く鑑賞用にとどまり、食用として広がり始めるのは明治以降になります。
明治4年（1871年）に札幌でアメリカから持ち込まれた玉ねぎ（「イエロー・グローブ・ダンバース」という品種）が試験栽培され、寒さに強い玉ねぎが北海道の気候に適応したこともあり、明治11年（1878年）に札幌農学校（北海道大学の前身）で本格的な栽培が始められ、明治13年（1880年）には札幌の農家でも栽培が始められたとされています。これが日本の食用玉ねぎ栽培のはじまりとされています。
日本で食用玉ねぎが広がるまでは紆余曲折あり時間が掛かったものの（紆余曲折の詳細はネット検索すれば簡単に調べられます）、徐々に定着し現在のような常用野菜にまでその地位は確立され、北海道全域で栽培されました。
札幌で栽培が始まった「玉ねぎ」は、農家単位で自家採種（自分で種を採ること）を行い、各農家ごとの特徴のある「玉ねぎ」が作られていきました。
当時はまだ「札幌黄」（さっぽろき）という名称で呼ばれてはおらず、「地種」（じだね）と言われていたそうです。（以下「地種玉ねぎ」と称する）
注）私自身（著者）、0～18歳まで地元（札幌市丘珠町）に居住していましたが「札幌黄」という呼称は一度も耳にしたことはありませんでした。しかし「札幌黄」について調べていく中で明治38年（1905年）の北海道農業研究所（原文が英語だったので名称の正確性は不明）のレポートに「札幌黄（札幌産黄色玉ねぎ）」という記載があるようです。（参考サイト：（一社）日本スローフード協会）
しかし、この「地種玉ねぎ」は、自家採種が続けられていくことで、固定種の欠点ともいわれる耐病性の悪さ（腐りやすいなど）や作業性の悪さ（生育期間や形・大きさの不揃い、水分が多く柔らかいため機械作業に向かないなど）があり、栽培する農家にとっては効率性や収益性が悪かったため、昭和55年（1980年）頃から品種改良された玉ねぎ（F1品種／エフワン品種 ＝ 耐病性が強く品質が安定した品種）が登場すると、F1品種栽培に切り替えていく農家が増えると共に「地種玉ねぎ」を生産する農家が減少していきました。
このような栽培農家の減少が後に「札幌黄」が「幻の玉ねぎ」と言われる所以（ゆえん）となるようです。
時は経ち、平成19年（2007年）に「国際スローフード協会」が主催する食の世界遺産「味の箱舟」プロジェクトに、「地種玉ねぎ」が「札幌黄」として登録された事もあり、改めて「札幌黄」が見直されると共に、一度は離れた「札幌黄」を栽培する農家が徐々に増えてきたこと、北海道出身の全国区人気芸能人がTV番組内で「札幌黄」について触れたこと、インターネットによる情報の拡散などによって注目を集めるようになり、味が濃く加熱調理をすると辛味が消えてとても甘くなることから、ビーフシチューやスープカレー、ポトフ、肉じゃがなどの煮込み料理に最適な玉ねぎとして人気が高まっていきました。
しかし、前述の通り、元々耐病性や作業性の良くない品種であるため、「札幌黄」の各生産農家が独自に試行錯誤を繰り返しながら品質の維持・向上に努めており、改めて札幌市やJAも注力している、札幌市の特産品と期待されている玉ねぎです。
注）ベジファームハセでは「札幌黄」は生産しておりません。 → ベジファームハセで生産している玉ねぎ：玉ねぎの王様（？）「さつおう」